Technical bulletin
Universal Bac³Gel(汎用)
汎用の 3D 粘液マトリックス内で単一株やコンソーシアをマルチウェルプレートで培養し、下流解析用の試料を調製するプロトコル。
Anatomical site
Others
マルチウェルプレート
Product
再現性が高く、かつハイスループットな in vitro モデルは、複雑な微生物コミュニティを研究するうえで不可欠である。本キットは、微生物培養のための汎用 3D マトリックスである。
本プロトコルでは、マルチウェルプレート形式を用いて Universal Bac³Gel 内で単一株を培養する方法、および下流解析のための試料調製手順を記載する。
Before you begin
- 以下のプロトコルは、独自の手順を開発する際の例として提示する。単一株について記載しているが、共培養や微生物コンソーシアにも使用されている。
- ゲルは任意の培養培地中で製造でき、ブタ胃由来タイプIIIムチン 50 mg/mL を含む。組成は調整可能である。
- 架橋および酸素勾配は製造工程中に形成され、微生物の培養によって変化する。
- すべての器具および消耗品を滅菌し、無菌条件下で操作すること。
Procedure
A微生物懸濁液の調製約 15 分
- 対象微生物(例:Escherichia coli)を適切な培地で対数増殖期まで培養する。
- 培養液を遠心分離して細胞を沈降させ、上清を除去する。
- 細胞ペレットを 0.9%(w/v)NaCl 溶液または適切な培養培地で再懸濁する。
- 600 nm における光学密度を測定し、必要に応じて細胞濃度を調整する。
BUniversal Bac³Gel での培養1 プレートあたり約 5 分
- プレートを室温に戻す。本プロトコルでは 24 ウェルプレートを例として使用する。
- 各ウェルに微生物培養をゲルと体積比 1:1 で加える。24 ウェルプレートでは 1 ウェルあたり 700 µL。他のフォーマットは下表を参照。
- プレートに蓋をし、37 °C または適切な温度で好気または嫌気条件下、最大 72 時間培養する。
Note 分子(プロバイオティクスや活性成分など)の影響を評価する場合は、添加前にゲル内で 37 °C、24 時間培養して安定化させる。
Tip 培養前にプレートを通気性シール膜で覆うと、交差汚染を防げる。
Critical 微生物培養はゲルの上面に優しく加えること。混ぜないこと。培養前の嫌気条件は必須ではないが、絶対嫌気性菌の損失を防ぐことができる。
Cゲルの溶解1 ウェルあたり約 3 分
- ゲルを乱さないように上清を優しく吸引して除去する。24 ウェルプレートでは 0.9%(w/v)NaCl 溶液 700 µL で洗浄し、上清を吸引して廃棄する。
- Bac³Gel 溶解培地(200 mM クエン酸ナトリウム)をゲルと体積比 1:1 で加え、ゲルが完全に溶解するまで混合する。均質化した試料をマイクロチューブに移す。
Note 洗浄により、ゲルに定着した微生物のみを評価対象とすることができる。
Volumes for every plate format
| プレート形式 | 1 ウェルあたりの Bac³Gel |
|---|---|
| 6 ウェル | 3,700 µL |
| 12 ウェル | 1,600 µL |
| 24 ウェル | 700 µL |
| 48 ウェル | 300 µL |
| 96 ウェル | 100 µL |
微生物培養および Bac³Gel 溶解培地は、いずれもゲルと体積比 1:1 で加えるため、表の体積と同量となる。
Downstream analysis
シーケンシング
14,000 × g で 10 分間遠心分離し、ペレットを用いて DNA を抽出する。
メタボロミクス
14,000 × g で 10 分間遠心分離し、上清を回収して凍結乾燥する。
その他の解析
細胞生存率の評価、フローサイトメトリー、代謝活性の測定、標準的な微生物学的特性評価にも適している。
Troubleshooting
ゲルが溶解しない、または溶解に時間がかかる
200 mM クエン酸ナトリウム溶液の量を増やして十分に混合する。
本製品は研究開発目的(R&D)のみに使用してください。
Questions about this protocol
contact@bac3gel.com