Technical bulletin
Cystic Fibrosis Lung³Gel(嚢胞性線維症)
嚢胞性線維症の気道粘液モデル内で微生物試料をマルチウェルプレートで培養し、シーケンシングやメタボロミクス解析用の試料を調製するプロトコル。
Anatomical site
Airway
マルチウェルプレート
Product
再現性が高く、かつハイスループットな in vitro モデルは、複雑な微生物コミュニティを研究するうえで不可欠である。本キットは、疾患特異的なヒト気道粘液を in vitro でモデル化することを目的として設計されている。
本プロトコルでは、マルチウェルプレート形式を用いて Cystic Fibrosis Lung³Gel 内で微生物試料を培養する方法、および下流解析のための試料調製手順を記載する。
Before you begin
- 以下の手順は単一株試料について記載しているが、共培養、微生物コンソーシア、複雑な微生物群集にも使用されている。
- 本キットのゲルは Mueller Hinton 培地中で製造でき、ブタ胃由来タイプIIIムチン 25.0 mg/mL と NaCl 16.3 mg/mL を含む。組成は調整可能である。
- 架橋および酸素勾配は製造工程中に形成され、微生物の培養によって変化する。
- すべての器具および消耗品を滅菌し、無菌条件下、理想的にはクラス II バイオセーフティキャビネット内で操作すること。
Procedure
A微生物懸濁液の調製約 15 分
- 対象微生物(例:Pseudomonas aeruginosa)を適切な培地で対数増殖期まで培養する。
- 培養液を遠心分離して細胞を沈降させ、上清を除去する。
- 細胞ペレットを適切な培養培地で再懸濁する。
- 600 nm における光学密度を測定し、必要に応じて細胞濃度を調整する。
Critical ゲルが培養培地中で製造されている場合は、細胞ペレットを培地ではなく 0.9%(w/v)NaCl 溶液で再懸濁すること。
BCystic Fibrosis Lung³Gel での培養1 プレートあたり約 5 分
- プレートを室温に戻す。本プロトコルでは 24 ウェルプレートを例として使用する。
- 各ウェルに微生物懸濁液をゲルと体積比 1:1 で加える。24 ウェルプレートでは 1 ウェルあたり 700 µL。他のフォーマットは下表を参照。
- プレートに蓋をし、37 °C で好気または嫌気条件下、最大 72 時間培養する。
Note 分子(プロバイオティクスや活性成分など)の影響を評価する場合は、添加前にゲル内で 37 °C、24 時間培養して安定化させる。
Tip 培養前にプレートを通気性シール膜で覆うと、交差汚染を防げる。
Critical 懸濁液はゲルの上面に優しく加えること。混ぜないこと。培養前の嫌気条件は必須ではないが、絶対嫌気性菌の損失を防ぐことができる。
Cゲルの溶解1 ウェルあたり約 3 分
- ゲルを乱さないように上清を優しく吸引して除去する。24 ウェルプレートでは 0.9% NaCl 溶液 700 µL でゲルを洗浄し、上清を吸引して廃棄する。
- Bac³Gel 溶解培地(200 mM クエン酸ナトリウム)をゲルと体積比 1:1 で加え、ゲルが完全に溶解するまで混合する。均質化した試料をマイクロチューブに移す。
Note 洗浄により、ゲルに定着した微生物のみを評価対象とすることができる。
Volumes for every plate format
| プレート形式 | 1 ウェルあたりの Lung³Gel |
|---|---|
| 6 ウェル | 3,700 µL |
| 12 ウェル | 1,600 µL |
| 24 ウェル | 700 µL |
| 48 ウェル | 300 µL |
| 96 ウェル | 100 µL |
微生物懸濁液および Bac³Gel 溶解培地は、いずれもゲルと体積比 1:1 で加えるため、表の体積と同量となる。
Downstream analysis
シーケンシング
14,000 × g で 10 分間遠心分離し、ペレットを用いて DNA を抽出する。
メタボロミクス
14,000 × g で 10 分間遠心分離し、上清を回収して凍結乾燥する。
その他の解析
細胞生存率の評価、フローサイトメトリー、代謝活性の測定、標準的な微生物学的特性評価にも適している。
Troubleshooting
ゲルが溶解しない、または溶解に時間がかかる
200 mM クエン酸ナトリウム溶液の量を増やして十分に混合する。ウェルが大きい場合やエキソポリサッカライドが多い培養では時間がかかる。
本製品は研究開発目的(R&D)のみに使用してください。
Questions about this protocol
contact@bac3gel.com